กลุ่มตรวจสอบภายในก่อตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา พ.ศ.2547 โดยคณะกรรมการจัดทำกรอบอัตรากำลังข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา ได้จัดทำกรอบอัตรากำลังข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษาสายสนับสนุน ประจำปีงบประมาณ 2549 - 2552 ได้กำหนดโครงสร้างกลุ่มตรวจสอบภายในขึ้น โดยมีภารกิจเพื่อสนับสนุนการบริหารงานและการดำเนินงานด้านต่าง ๆ ของอธิการบดี ให้สอดคล้องกับนโยบายของมหาวิทยาลัย